Spesies ini pertama disebutkan oleh René-Primevère Lesson pada tahun 1828, namun sebutan lanjutan diberikan oleh Karl Asmund Rudolphi dan spesies ini kadang-kadang direferensikan sebagai Rorqual Rudolphi, Paus Pollack, Paus Coalfish, Paus Sarden, atau Fin Jepang.[11]

Kata Sei berasal dari kata Norwegia seje untuk ikan pollock, juga direfensikan sebagai coalfish, yang berkerabat dekat dengan ikan kod. Sei Whales muncul di pantai Norwegia pada saat yang sama dengan pollock, keduanya muncul untuk makan sekumpulan plankton.[7] Nama spesifik berasal dari kata Latin borealis, yang bererti utara. Di Pasifik, paus ini telah dikenal sebagai Fin Jepun; "finner" merupakan istilah umum untuk rorquals. Di Jepun binatang ini disebut iwashi kujira, atau Paus Sarden, nama untuk seekor ikan kerana paus itu telah diobservasi untuk mencari sumber makanan di Lautan Pasifik.[12]

Paus Sei merupakan rorqual (famili Balaenopteridae), sebuah famili paus balin yang turut mencakupi paus bungkuk, paus biru, paus Bryde, paus sirip dan paus Minke. Rorqual mendapatkan namanya dari bahasa Norwegia röyrkval, yang berarti "paus kerut",[13] karena anggota famili ini memiliki rangkaian lipatan longitudinal atau lekukan yang bertempat di bawah mulut dan berlanjut sepanjang bagian dalam tubuh. Famili Balaenopteridae diyakini telah menyimpang famili lain dari subordo Mysticeti, juga disebut Paus tulang paus atau Paus besar, selama pertengahan Miosen.[14] Namun begitu, sebagian kecil diketahui karena anggota dari famili yang bervariasi dalam Mysticeti, mancakup Balaenopteridae, yang menyimpang dari lainnya.

Dua subspesies telah teridentifikasi— Paus Sei Utara (Balaenoptera borealis borealis) dan Paus Sei Selatan (Balaenoptera borealis schleglii).[15] Dua subspesies tersebut secara geografi terisolir dari lainnya dan jangkauan mereka tidak utuh.